Para o diagnóstico de muitas doenças que acometem direta ou indiretamente essa região. Entre as principais estão: refluxo, gastrite, úlceras, pólipos, doenças infecciosas e câncer em estágio inicial e avançado.
Além disso, a endoscopia pode funcionar como um tratamento propriamente, por exemplo, na retirada de pólipos e tumores malignos ainda em fase precoce.